Das Nidwaldner Wappen geht bis ins Mittelalter zurück, als es zuerst in Siegeln auftauchte. Bereits im 13. Jahrhundert prägten die Kirchgenossen von Stans den Schlüssel als Attribut ihres Kirchenpatrons, des heiligen Apostels Petrus, auf ihr Siegel. Wie es im Mittelalter oftmals vorkam, wählten sie nur das Attribut ihres Kirchenpatrons – eben den Schlüssel – statt eines Bildes des Heiligen.

Der rote Hintergrund wurde früher ebenfalls als religiöses Symbol für das Blut und die Wiederauferstehung Christi gedeutet. Die moderne Wappenkunde lehnt solche symbolischen Deutungen eher ab, eine alternative Erklärung für die Farbwahl gibt es jedoch nicht.

Die Entwicklung des Wappens
Zum ersten Mal überliefert ist das alte Stanser Kirchensiegel am Bundesbrief von 1291. Weil es damals kein anderes Siegel in Ob- und Nidwalden gab, ritzte man kurzerhand in Latein den Zusatz "und des oberen Tals" ins Siegelfeld. Das Stanser Kirchensiegel wurde somit zum gemeinsamen Siegel Ob- und Nidwaldens und hing bis ins 16. Jahrhundert als Siegel Unterwaldens an allen Urkunden, die Ob- und Nidwalden gemeinsam als eidgenössischer Ort Unterwalden siegelten.

Im Verlauf des 14. und 15. Jahrhunderts entwickelten sich Ob- und Nidwalden zu eigenständigen Orten und begannen eigene Wappen zu führen. Bereits 1363 benutzte Nidwalden für seine Angelegenheiten ein eigenes Siegel, welches den heiligen Petrus mit Schlüssel zeigte, während Obwalden das alte gemeinsame Siegel auch für seine eigenen Geschäfte benutzte.

Auf den militärischen Feldzeichen und den Landesbannern Nidwaldens tauchte ab dem 15. Jahrhundert ein Doppelschlüssel auf. Nidwalden wollte so offenbar seine Unabhängigkeit von Obwalden unterstreichen, weil sich die beiden Bundesgenossen immer heftiger um die gegenseitigen Rechte in der Eidgenossenschaft stritten. 1512 machte Papst Julius II. diese Variante quasi offiziell: Er erlaubte den Nidwaldnern, den Doppelschlüssel – der Bestandteil des päpstlichen Wappens ist – zu führen.