Der Bevölkerung bieten sich im Wesentlichen folgende drei Möglichkeiten der Mitwirkung:

Fragen an Expertengremium
Die Bevölkerung hat die Möglichkeit, technische und wissenschaftliche Fragen zu Sicherheit und Geologie einzubringen. Diese Fragen werden von einem Expertengremium, dem Technischen Forum Sicherheit, diskutiert und beantwortet.

Regionale Partizipation
In Etappe 1 des Auswahlverfahrens (Herbst 2008 bis Herbst 2011) wurden in allen Standortregionen Verfahren zur Einbindung der betroffenen Gemeinden vorbereitet – als regionale Partizipation bezeichnet. Damit wurde gewährleistet, dass die Interessen, Bedürfnisse und Werte der betroffenen Gemeinden und der Bevölkerung berücksichtigt werden. Die Gemeinden der Standortregionen arbeiteten mit dem Bundesamt für Energie (BFE) bei der Organisation und Durchführung der Partizipation zusammen. Die Standortkantone koordinierten diese Zusammenarbeit. Aufgebaut wurde die regionale Partizipation vom so genannten Startteam bestehend aus Vertretern der betroffenen Kantone und Gemeinden.

Auch in Etappe 2 des Auswahlverfahrens (Anfang 2012 bis 2015/2016) ist die Partizipation der betroffenen Bevölkerung ein wichtiges Ziel. Die Regionen haben dabei die Möglichkeit, bei der Konkretisierung der Oberflächeninfrastruktur der Endlager, bei den Untersuchungen der sozioökonomischen und raumplanerischen Auswirkungen sowie bei Projekten für eine nachhaltige Entwicklung der Region mitzuwirken. Im Standortgebiet Wellenberg erfolgt die Mitwirkung im Rahmen der Plattform Wellenberg. Partizipationswillige Bürger sind gebeten sich zur Teilnahme bei der Plattform Wellenberg zu melden.

Anhörungs- und Mitwirkungsverfahren
Für jede der 3 Etappen des Auswahlverfahrens wird zudem ein dreimonatiges formelles Anhörungs- und Mitwirkungsverfahren durchgeführt, in dem Behörden, Organisationen und alle interessierten Bürgerinnen und Bürger zu den erarbeiteten Resultaten Stellung nehmen können. Die Resultate der Etappe 1 wurden vom 1. September bis 30. November 2010 öffentlich aufgelegt. Unter dem Vorbehalt der Zustimmung der Stimmbürger von Nidwalden, reichte der Regierungsrat am 30. November 2010 die Vernehmlassung zur Etappe 1 des Sachplanverfahrens geologische Tiefenlager an den Bundesrat ein. Der Regierungsrat beantragt darin die Streichung des Wellenbergs als möglichen Standort. Die Vernehmlassung wurde am 13. Februar 2011 von der Bevölkerung Nidwaldens in einer Volksabstimmung gutgeheissen. Der Bundesrat befand am 30. November 2011 darüber, dass sämtliche sechs vorgeschlagenen Standortgebiete in Etappe 2 weiterverfolgt werden.